团务管理中心本着为同学服务，拓展团员青年综合素质，为学校争光的宗旨。其一切工作立足于广大团员，依靠全校团员青年，在校团委的直接领导下，协助校团委开展团的思想建设、组织建设、校园文化建设及志愿、公益、社会实践活动等。充分发挥大学生自我管理、自我教育的积极性，加强我校的团务管理，为建设一个健、活泼、有序的校园学习生活环境而努力。坚决拥护校党委制定的各项方针政策，遵守学校的各项规章制度，坚决执行校团委的各项决议，以为学校争光为已任。竭尽所能向上反映或解决广大团员青年思想、学习和生活等方面的问题。
各部具体职责为：
（一）社团联合总会：主要职责即在校团委的授权下对各学生社团进行监督、管理、协调、考核。在很大程度上，它是各学生社团与学校交往的桥梁，是校党委、校团委对学生社团领导的一个执行部门；同时作为一个社团管理的学生领导机构，它更具备了学生自治的民主意义。
（二）宣传管理部：宣传校党委、校团委、上级团组织下发的文件精神，为团务管理中心承办的各项重大活动作宣传。它是《校园（学生区）宣传管理制度》的执行者。
（三）外联管理部：1、管理学校的各学生单位的推销或代售活动所用的场地注册问题。2、外联工作。为团务管理中心的其他部门联系活动经费和赞助单位，以便减轻经费负担。3、主要负责一些企业、单位或集团与校团委联合搞的优惠促销活动。4、代招一些产品推销员，为一些家庭贫寒或想进行社会实践的同学提供机会。
（四）编辑策划部：负责编辑出版《团苑》、《医大团情》及《社团简刊》。全面反映各级分团委、学生会及各社团所开展的活动、学习、活动情况，倡导健康向上的精神。
（五）组织部：根据工作需要组织联系召开各年级学生分团委、学生组织联席会议，组织团务管理中心开展举办的各类活动会议，负责组织团名册登记，新生团支部书记的培训等工作；对团务管理中心各部门成员日常工作的考核与监督。
（六）网络管理部：负责校团委及各社团的网页管理、更新，对各分团委、学生组织新闻的发布，信息港BBS的管理。